Santa Margarida pertencia ao município de São Gabriel, como Distrito, do qual foi desmembrado pela Lei, nº 10.751/96, de abril de 1996.
O Município surgiu a partir da ideia de um grupo de margaridenses que acreditava que a emancipação traria desenvolvimento.
A Comissão Emancipatória, criada em 24 de junho de 1994, foi assim composta: Presidente: Orestes da Silva Goulart, Vice – presidente: Círio Pedrotti, 1º secretário: Darcy Froehlich; 2º secretário: Paulo César Saldanha Goulart; 1º tesoureiro: Italmar Maldonado Chaves; 2° tesoureiro: Círio Lauxen. Conselho Fiscal: Delir dos Santos Rocha, Jaci Martins Silveira, José Italazairu Brum. Suplentes: Elton Leão Faria, Marcelo Rodrigues Muller, Aristides Jovenal Jardim.
O credenciamento oficial da Comissão foi expedido em 26 de janeiro de 1995 pela Assembleia Legislativa do Estado. A partir daí uma série de providências foram tomadas sobre transferências legais e legítimas de títulos de eleitores com residência e propriedade na área emancipada. O primeiro Plebiscito marcado para perguntar se a população queria ou não a emancipação não foi realizada devido a grande movimentação dos contrários ao movimento. Foi preciso recorrer ao TSE para reverter a situação e o Plebiscito ocorreu em 24 de março de 1996 com 1.056 votos “sim” e 243 “não”.
Apesar do Município ter sido emancipado em 1996 não foi neste ano que os Margaridenses escolheram seu Prefeito, apenas em 2000 houve eleição, e o primeiro Prefeito foi o Ilustre cidadão, Presidente da Comissão Emancipatória, Sr. Orestes da Silva Goulart.
O Município permaneceu com o mesmo nome de quando ainda era Distrito, acrescentando-se apenas “do Sul”. O nome Santa Margarida segundo a história oral originou-se da homenagem feita a dona de uma grande fazenda de gado existente da região. A extensão desta estância abarcava quase todo o distrito de Santa Margarida, porém, através da evolução histórica as terras pertencentes à Estância de Santa Margarida foram sendo divididas, passando a pertencer a vários proprietários.